L'Animation ou la "vie" du site Natura 2000.

Suite à la validation du DOCOB par le comité de pilotage, un animateur technique est choisi soit par la collectivité locale chargée de la mise en œuvre de l'animation, soit, à défaut, par l’État.
L'opérateur technique ayant été chargé d’élaborer le DOCOB peut prétendre à devenir aussi l’animateur technique du site. Si tel n'est pas le cas, il est important de choisir une structure proche du territoire ayant une bonne connaissance du "local". Il assure alors la mise en œuvre des mesures du DOCOB et leur suivi.

La nature des contrats proposés aux ayants droit dépend du milieu concerné :
- Les contrats agri-environnementaux pour le monde agricole : ces contrats prennent la forme de mesures agro-environnementales dites climatiques (MAEc), souscrites par les exploitants agricoles dans le cadre de leur dossier de demande d’aide PAC Politique agricole commune.
- Les contrats forestiers : ces contrats découlent d’une circulaire relative à la gestion des sites Natura 2000.
- Les contrats non agricoles non forestiers : ces contrats découlent aussi d’une circulaire relative à la gestion des sites Natura 2000.
Pour ces trois types de contrat, des cahiers des charges précis permettant la passation de contrats sont définis lors de l’élaboration des documents d’objectifs.

Les MAEc ont vocation à répondre à des enjeux ciblés :
◊ protection de la biodiversité (essentiellement en site Natura 2000) ;
◊ préservation des ressources en eau sur la plan qualitatif et/ou quantitatif (au regard des exigences de la Directive Cadre sur l’Eau).
Les mesures proposées pour le territoire sont construites à partir d’engagements unitaires dont les cahiers des charges et la rémunération forfaitaire sont prévus dans les Programmes de Développement Ruraux Régionaux (PDRR). En ce qui concerne le Programme de Développement Rural Aquitain (PDRA), il est en cours de finalisation pour validation en fin du premier semestre 2015.

Les actions "non agricoles et non forestières" favorables aux habitats et espèces d’intérêt communautaire ne peuvent être contractualisées que dans les sites Natura 2000. Elles concernent essentiellement la gestion de milieux ouverts, hors milieu agricole. Elles peuvent également concerner des milieux boisés. Les opérations éligibles sont mentionnées dans une circulaire de gestion. Elles permettent notamment la restauration de milieux ouverts, la gestion par la fauche , le débroussaillage ou le pâturage de milieux ouverts non agricoles, la création ou l’entretien de haies, de ripisylves et de mares, la gestion d’ouvrages hydrauliques, la restauration de frayères, des aménagements en faveur des habitats ou des espèces, des opérations innovantes, des opérations d'information ou d'éducation...

Les actions forestières favorables aux habitats et espèces d’intérêt communautaire peuvent être contractualisées en milieu forestier, quel que soit le statut du propriétaire (y compris les agriculteurs). Les opérations éligibles sont mentionnées dans une circulaire de gestion, et précisées dans un arrêté préfectoral régional.
Elles concernent principalement la création ou le rétablissement de clairières, de landes, de mares forestières, la mise en œuvre de régénérations dirigées, l’entretien et la restauration de ripisylves, le débroussaillement manuel, les investissement visant à réduire l’impact des dessertes, des mises en défens, de l’information des usagers, le maintien d'arbres sénescents... Ces actions sont souvent financées au coût réel, sur la base de devis ou sur forfait.

En dehors des contrats, il existe aussi la possibilité de souscrire à la  charte Natura 2000. Celle-ci permet une forme de reconnaissance des bonnes pratiques déjà opérationnelles. Il s’agit d’engagements ou de recommandations qui portent sur des pratiques respectueuses des habitats et des espèces :
◊ Pratiques de gestion par les propriétaires ou les exploitants du site;
◊ Pratiques sportives ou de loisirs.
La signature de la charte ouvre droit à une exonération de la part communale de la taxe foncière sur le non-bâti (TFNB). Au niveau de la régional, c'est une obligation pour obtenir une certification régionale pour les exploitations agricoles qui souhaitent être reconnues comme exerçant de bonnes pratiques environnementales (dispositif AREA : Agriculture Respectueuse de l’Environnement en Aquitaine). Enfin, pour les activités tournées vers l'agro-tourisme, cela donne une forme de "labellisation" reconnaissant l'adhésion à des pratiques respectueuses en faveur de la biodiversité.

Le dispositif choisi par l’État français pour faire fonctionner Natura 2000 est basé sur le volontariat via la contractualisation. Un site Natura 2000 "vivant" est un site dont le document d'objectif est construit telle sorte qu'il permette de proposer des actions en faveur de la biodiversité non seulement opérationnelles mais aussi qui présenteront un intérêt certain pour les acteurs de terrain. De même, il est bien évident que les qualités relationnelles de l'animateur ainsi que sa connaissance du territoire dans tous ses aspects constituent un atout primordial dans la réussite de cette animation.